Berdasarkan Peraturan Daerah Kota Yogyakarta tersebut dan  Peraturan Walikota Yogyakarta Nomor 62 Tahun 2016 Tentang Kedudukan, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Kecamatan dan Kelurahan Kota Yogyakarta,  serta Peraturan Walikota Yogyakarta Nomor 118 Tahun 2016 Tentang Perubahan Perwal No. 62 Tahun 2016 Tentang Kedudukan, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Kecamatan dan Kelurahan Kota Yogyakarta,  kecamatan berkedudukan :

1.  Kecamatan merupakan wilayah kerja Camat sebagai perangkat daerah

2. Kecamatan dipimpin oleh seorang Camat yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Walikota

     melalui Sekretaris Daerah.

Dalam melaksanakan tugas dan fungsinya, Kecamatan Gondomanan sebagai kecamatan tipe A mempunyai struktur organisasi sebagai berikut:

 

 
 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Susunan organisasi Kecamatan Tipe A, terdiri dari  : 

  1. Camat;
  2. Sekretariat terdiri dari :
  1. Sub Bagian Umum dan Kepegawaian; dan
  2. Sub Bagian Keuangan, Perencanaan, Evaluasi dan Pelaporan.
  1. Seksi Pemerintahan, Ketentraman dan Ketertiban Umum;
  2. Seksi Pelayanan, Informasi dan Pengaduan;
  3. Seksi Perekonomian dan Pembangunan;
  4. Seksi Pemberdayaan Masyarakat; dan 
  5. Kelompok Jabatan Fungsional.
  6. Kelurahan